В игре говорится, что напарник Стрелка, Клык, покупал у диггеров специальные осветительные приборы. Однако, не говорится, зачем. Есть мнение, что группа Стрелка собиралась идти через подземелья Припяти. Локация действительно планировалась, но в итоге была вырезана из игры.
После прохождения локации "Лиманск", перед переходом к "Госпиталю", Лебедев сообщает нам о том, что передовому отряду Чистого неба придётся отправится в Подземелья Припяти. Это говорит о том, что локация "Подземелья Припяти" была вырезана на поздних стадиях разработки игры.
В начале игры, когда нас застаёт выброс, ГГ получает задание "Вернуться на базу". Действительно, в игре планировалось, чтобы Шрам сам пробивался под выбросом к базе Чистого неба. Однако перед релизом данный квест вырезали, а само задание сразу же отмечается, как отменённое.
На болотах планировалась сцена с атакой болотной твари на отряд Чистого неба. Однако в релизе она проигрывается лишь иногда неподалёку от насосной станции. Когда мимо проходит отряд ренегатов со стороны руин деревни, проигрывается сцена, аналогичная сцене на НИИ Агропром.

Во вступительном видеоролике показано, как Шрам сопровождает ученых, всю группу накрывает выбросом, и в результате этого Шрам теряет свой «Винторез». Этот «Винторез» можно обнаружить в северной части локации «Болота», достаточно вспомнить, как выглядела местность на ролике. Как видно из того же начального ролика, Шрам был одет в кожаный плащ. Однако когда он приходит в сознание уже на базе «Чистого Неба» на нем кожаная куртка.
На базе группировки «Чистое Небо» на полке (как игровое наполнение) в спальне Лебедева лежит штык-нож от АК-74, который в игре в виде оружия нигде не появляется.
Город Лиманск был создан по реальным микрорайонам Киева, строившиеся после войны пленными немцами. Самый большой из них находится недалеко от станции метро «Черниговская». Также, схожая застройка есть и на бульваре Ивана Лепсе, на котором находится офис GSC.
В Тенях Чернобыля, Призрак сообщает, что Клыка застрелил наёмник с «Винторезом» и шрамом на лице. Есть мнение, что это и есть главный герой игры — Шрам. Однако существует одна нестыковка: командир «Чистого Неба», Лебедев, говорит, что он пошлёт своих ребят убрать Клыка и Призрака, а Шрама посылает в погоню за Стрелком через Лиманск. Также он говорит: «С этими двумя мы справимся сами». Разработчиками было подтверждено, что Клыка должен был убить Шрам, но впоследствии этот эпизод был вырезан
На Военных складах, в деревне Кровососов, внутри водонапорной башни, в Чистом Небе лестница железная, просто приваренная к стене. А в Тенях Чернобыля лестница винтовая, с пролетами. Объяснить такую кардинальную разницу невозможно, остаётся только предположить что ребята из Свободы сняли старую лесенку, и сделали новую, чтобы легче было забираться наверх.
На АТП, над аркой, в Тенях Чернобыля висела табличка «Автокооператив Локомотив». В Чистом Небе эта-же табличка гласит: «Регистрация маршрутов».
База нейтралов на Кордоне создана настолько капитально, что её состояние в Тенях Чернобыля (голые стены и пара сталкеров) ничем не объяснимо. То же касается базы Долга на Агропроме, базы Свободы в Тёмной Долине, и базы бандитов на Свалке.
На локации Кордон можно найти тайник с уникальным оружием АКМ-74-2. Судя из названия, оружие предполагало использование промежуточного патрона М43, однако в игре оно использует широко распространенный пулеметный патрон (заметим, что образцы Калашникова под патрон такой мощности все же существовали — это IWI Galatz и Сайга/Вепрь-308). Внешний вид его (наличие дульного тормоза и рамочный складной вбок приклад) также не соответствуют названию.
На НИИ Агропром, на базе Долга, раздается голос, призывающий вступить в клан. Это голос бармена из бара «100 рентген». Но ни бармена, ни самого Бара в игре нет.
Не менее странно и то, что в анекдотах в ЧН упоминается Бар и Бармен, что есть по сути анахронизм.
В игре присутствуют несколько персонажей из Теней Чернобыля. Например, Боров — не лидер бандитов, а всего лишь бармен на базе бандитов на Свалке. Однако, он может рассказать игроку, что желает создать собственную банду. Что ему и удалось, судя по Теням Чернобыля.
Недалеко от аномалии в Рыжем лесу, в которую согласно квесту предстоит прыгнуть, лежат трупы сталкеров. Среди них есть Отец Валерьян, который тем не менее одновременно находится в вполне живом состоянии на Кордоне.
Среди квестов, относящихся к локации «Болота», которые можно найти в файлах игры, можно найти квест по захвату «завода по добыче аномальной субстанции со дна болот». Однако среди списка объектов в игре, его почему-то нет. Но если предположить, что этот завод является ничем иным как объектом «насосная станция», то становится понятным назначение не только насосной станции, но и трубопроводов ведущих на НИИ «Агропром», а также подземелий Агропрома, содержащих кучу странных емкостей с аномальной кислотой. В игре, однако, авторами игры на это прямо никак не указывается.

На экранах мониторов можно заметить скриншот из FAR Manager, в котором открыты папки с моделями из игровых ресурсов.
В Лиманске, в одном из подвалов, можно найти машину времени из фильма «Гостья из будущего».
В районе НИИ Агропром, где обосновалась группировка Долг, играет музыка из других проектов GSC Game World — Герои уничтоженных империй и Казаки 2.
На локации НИИ Агропром, на базе Долга, можно найти здание, в котором располагаются чучела всех мутантов, в том числе и чучело кошки. Хотя эту кошку разработчики из игры вырезали. Также в Чистом небе встречаются головы химер в виде трофеев, висящих на стенах.