Во всех трёх играх можно встретить одного персонажа — это сталкер Шустрый. В Чистом небе он проводник, в Тенях Чернобыля он курьер у Сидоровича, в Зове Припяти он торговец эксклюзивной экипировкой и оружием.
В игре, кроме Шустрого, также можно встретить Новикова, известного по сюжету ЧН и двух тезок ремонтника Свободы — Дядьки Яра, которые были в группировке Свобода и Военные соответственно.
Сидоровича в игре нет, но он изредка упоминается в диалогах со сталкерами. Также, упоминается Бар.
Прототипом персонажа Глухарь был одноименный кинематографический персонаж из сериала «Глухарь», по фильму следователь и капитан милиции.
На локации окрестности Юпитера (На заводе «Юпитер», в именном тайнике Стрелка) можно найти в тайнике уникальный образец оружия — Sig-550 Стрелка. Однако, как известно по сюжету ЧН, Стрелок теряет свою винтовку, так как винтовка была захвачена монолитовцами вместе со Стрелком, когда он попал под мощнейший выброс на ЧАЭС; в связи с этим, наличие ее в тайнике Стрелка представляется маловероятным, разве что если Стрелок имел две одинаковых любимых винтовки.
В ЗП дробовик SPAS-12 имеет режим автоматической стрельбы, однако в реальной жизни у него такой режим стрельбы отсутствует в любых модификациях, что у карабинеров, что у других служб безопасности и армии Италии. Смысл такого режима стрельбы для такого мощного оружия без плечевого упора также сомнителен.
Мост Преображенского на локации Затон в реальной жизни имеет прототип — это автомобильно-железнодорожный мост (поезда едут вверху) в г. Запорожье. Основное отличие заключается в том, что в игре он значительно уже и короче, а сверху имеет два трубопровода.
Корабли «Шевченко» и «Скадовск» имеют в качестве прототипа два реальных корабля, расположенных в заливе реки Днепр, недалеко от города Чернобыль (не путать с г. Припять).
Трансформаторная подстанция на Затоне смоделирована, скорее всего, с подстанции, расположенной возле ЧАЭС. Основное отличие от оригинала — масштабы.
Пляж на «Изумрудном» (расположен на Затоне) смоделирован с реального пляжа на территории ЧЗО.
Место на локации Юпитер «деревня Копачи» в реальной жизни больше не существует — во время ликвидации аварии на АЭС строения деревни получили слишком большие дозы радиационного облучения, что для сохранения здоровья «самоселов» деревня была снесена и засыпана землёй.
Локация Припять (также известная, как Восточная Припять) имеет наибольшее сходство с оригинальной территорией Зоны Отчуждения, как в расположении объектов (вплоть до наложения спутникового снимка c GoogleMaps), так и по внешнему виду (смоделирована по фотографиям реального города) чем остальные локации, сделанные ранее, за исключением локации ЧАЭС.
Несмотря на то, что переход между локациями осуществляется только через проводников, привычные по двум предыдущим играм точки перехода всё равно присутствуют, только теперь они недоступны игроку, и вообще по задумке разработчиков не предназначались для использования игроком. Всё дело в том, что в режиме работы ИИ «Offline», НПС перемещаются по специальному графу, и при этом графы отдельных локаций должны быть соединены в глобальный граф. А такое соединение осуществляется только через точки переходов. Другое дело, что расположение этих точек перехода может быть любым.

В Лаборатории Х-8 можно найти сильно фонящий радиацией макет установки «подавитель агрессии „Радуга“», на деле являющийся уменьшенной копией «выжигателя мозгов» из «Тени Чернобыля», а также фотографию Лебедева, одного из ключевых персонажей «Чистого Неба».
В свою очередь, «Радуга» это искаженное название РЛС «Дуга», которая послужила прототипом «Выжигателя мозгов». Интересно, что оригинал части антенн РЛС «Дуга» можно увидеть в Лиманске, в Чистом небе. Лаборатории Х-8 можно найти сильно фонящий радиацией макет установки «подавитель агрессии „Радуга“», на деле являющийся уменьшенной копией «выжигателя мозгов» из «Тени Чернобыля», а также фотографию Лебедева, одного из ключевых персонажей «Чистого Неба».
В свою очередь, «Радуга» это искаженное название РЛС «Дуга», которая послужила прототипом «Выжигателя мозгов». Интересно, что оригинал части антенн РЛС «Дуга» можно увидеть в Лиманске, в Чистом небе.